Один из основных руководителей и идеологов экономических реформ начала 1990-х годов в России. В 1991—1994 годах занимал ответственные посты в правительстве России, в том числе в течение полугода (июнь—декабрь 1992 года) был исполняющим обязанности председателя правительства. Принимал участие в подготовке Беловежского соглашения. Под руководством Гайдара начался переход от плановой к рыночной экономике, были проведены либерализация цен, реорганизация налоговой системы, либерализация внешней торговли, начата приватизация.
Один из ключевых участников событий со стороны правительства во время конституционного кризиса и прекращения деятельности Съезда народных депутатов и Верховного Совета России в 1993 году. Организатор антивоенных митингов во время Первой чеченской войны. Основатель и один из руководителей партий «Демократический выбор России» и «Союз правых сил». Руководитель фракции «Выбор России» в Государственной Думе первого созыва (1993—1995) и депутат от фракции СПС Думы третьего созыва (1999—2003). Вице-президент Международного демократического союза (2001—2004).